《災變論》首先將中國歷史放置在聖經歷史之中，並在無神論信仰和災變歷史境遇的雙重架構中，重新闡釋了中國文化的起源、變遷和轉軌方向。儘管此書綜合了神學、經濟學、歷史學等綜合分析範式，但它所解釋的問題反而更接近常識。此外，全書對西方漢學進行了一定的梳理工作，同時對漢語思想史進行了總結性的反省。

全書共分七章。

第一章是總論部分，或者說是純粹的理論部分，筆者首先把中國歷史納入聖經歷史，並因此將中國歷史融入人類歷史。其次則從認識論的角度，闡述中國文明的起源與其地理處境和無神信仰之間的雙重關聯。最後，則是對迄今為止一些有代表性的文化理論的重新整理。

第二章是本書的實證分析部分，亦為本書的理論基礎。筆者先後從自然災變和人文災變兩個角度蒐集資料，系統地論證中國社會是災變社會，中國文化是一種災民文化。讀者將會發現，在上述敍事中，作者一直力圖表明，災變論不是地理決定論，因為人的責任或「自由意志」被視為災民選擇之主觀根據。

第三章到第六章進一步討論中國的社會文化和精神文化。第三章和第四章是對中國社會文化的分析。第三章集中分析中國精神的制度產品，嘗試在災變論的基礎上重新定義中國的人口制度以及政治、經濟和軍事體制。

第四章著重於中國精神的社會心理方面，首先定義中國精神的實質是災民理性，這是本書的一個核心概念；其次對中國大眾心理的基本特點進行了分類解釋，諸如：飢餓恐懼、權力恐懼、敵人意識、暴力審美、偶像崇拜、力量崇拜、狡猾崇拜、利益崇拜、實用理性、梁山現象、詩性智慧、災民迷信等等範疇。

這兩章的分析表明，中國文化擁有獨特的品質，而中國文化的特質一直沒有在如此根本的基礎上為人所認識。

第五章和第六章分別以希臘文化和希伯來文化為背景，在文化比較視域中重新解釋中國的精神文化。這些範疇涉及文字學、文學、經濟學、法學、政治學、以及宗教學。問題最後的歸結是災民理性和基督信仰的內在衝突。這一衝突將本書引向第七章，即尋求怎樣消解中國歷史和聖經歷史之間的張力。本書以十字架神學為中心，重置「災民理性的話語轉換」的模式，不僅僅基於信仰的先驗熱情，同樣基於對中國近代以來歷次轉軌的經驗反省。